تجابه بعض الشركات الممولة بعض الصعوبات في التكامل مع المنظومة و تكييف برامج الحسابات لديهم نظرًا لحداثة منظومة الفاتورة الإلكترونية. ولذلك، فقد قامت شركة أوركيدا سوفت بإصدار برنامج Orchida E-Invoice لرفع عبء التكامل مع المنظومة من على عاتق السادة الممولين.